干细胞主要分为两种类型：
① 能够分化为任何细胞的「多能性干细胞」
第一类是像ES细胞（胚胎干细胞）这样的「多能性干细胞」（Pluripotent Stem Cell），它可以分化为人体内的任何细胞，包括各种组织干细胞。在京都大学的山中教授等人发表人类iPS细胞（诱导性多能干细胞）的建立之前，ES细胞一直是再生医疗研究的核心。
ES 是「Embryonic Stem Cell」的缩写，日语称为「胚性干细胞」，是利用胚胎的内部细胞团培养而来的干细胞。胚胎是受精卵经过数次分裂后，形成大约100个细胞的细胞团。从胚胎内部提取细胞并进行培养，即可获得ES细胞。1981年，英国科学家埃文斯成功建立小鼠ES细胞，1998年，美国的汤姆森等人成功建立了人类ES细胞。由于ES细胞可以被半永久性地维持，并可诱导分化为特定细胞，因此成为再生医疗的重要来源，受到了极大的期待。然而，由ES细胞产生的细胞和器官对接受移植的患者来说是「他人」的细胞，因此仍然会引发免疫排斥反应，如同器官移植一样。
此外，获取ES细胞需要破坏「胚胎」。ES细胞的来源是用于不孕治疗而剩余的「多余胚胎」，这些胚胎经过提供者同意后被使用。然而，由于涉及破坏生命起源的胚胎，这也引发了伦理问题。
人体内的所有细胞都来自于一个单一的受精卵，拥有相同的基因，但各细胞中不必要的基因会被「锁住」，因此血液细胞不会变成皮肤细胞，皮肤细胞也不会变成心肌细胞。然而，当向皮肤等体细胞导入「重编程因子」（Reprogramming Factors）后，细胞可被重新编程，变得和ES细胞一样年轻，并获得多能性。这种经人工诱导而产生的多能性干细胞被称为「诱导性多能干细胞（Induced Pluripotent Stem Cell, iPS细胞）」。这一发现由山中教授首次提出，并命名。
iPS细胞不像ES细胞那样涉及伦理问题，因此备受期待。然而，iPS细胞的制备效率较低，此外，与ES细胞一样仍然存在一定的癌变风险。因此，目前iPS细胞尚未被全球广泛应用于临床。
② 持续补充消失细胞的「组织干细胞」
第二类干细胞是像皮肤、脂肪、血液等组织内部，负责不断补充消失细胞的干细胞，被称为「组织干细胞」。组织干细胞不能变成所有类型的细胞，例如造血干细胞只能分化为血液细胞，神经干细胞只能分化为神经细胞。然而，骨髓中的间充质干细胞被发现具有「多分化能力」，可以分化为肌肉、软骨、脂肪、神经等多种类型的细胞。这意味着，虽然组织干细胞不像ES细胞或iPS细胞那样能够变成所有细胞，但它仍然具有较高的分化潜能。
2003年，山口大学开始使用间充质干细胞进行肝脏治疗研究；2007年，京都大学开始研究如何让其分化为骨组织。截至2013年7月，日本国内已经有超过80项使用组织干细胞的临床研究。同时，在海外，通过关节内注射进行骨关节炎治疗、通过静脉输注治疗脑梗塞与多发性硬化症等罕见疾病的应用也越来越广泛。此外，组织干细胞还被用于抗衰老（Anti-aging）预防治疗。
近年来，研究发现与骨髓中的间充质干细胞类似的干细胞也大量存在于皮下脂肪中，这些细胞被称为「脂肪来源间充质干细胞」。由于其采集方式简单且组织量丰富，因此被视为具有潜力的治疗细胞来源。
组织干细胞治疗的特点：
临床应用与法规：
针对间充质干细胞的特性，许多医疗机构已经开始将其应用于治疗。例如，Avenue Cell Clinic 已向日本厚生劳动省提交了备案，并在诊所内部建立了细胞加工设施。
日本政府为确保再生医疗的安全性，制定了《再生医疗等安全性确保法》。该法规适用于希望提供再生医疗的诊所或医院、负责审查再生医疗计划的监管委员会，以及制造特定细胞加工物的机构（如细胞加工业者或诊所内的细胞加工设施）。医疗机构与细胞培养加工设施必须遵循相应的法规要求，以确保再生医疗的安全性。
